| A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance D Danko, D Bezdan, EE Afshin, S Ahsanuddin, C Bhattacharya, DJ Butler, ... Cell 184 (13), 3376-3393. e17, 2021 | 90* | 2021 |
| Blind prediction of homo‐and hetero‐protein complexes: The CASP13‐CAPRI experiment MF Lensink, G Brysbaert, N Nadzirin, S Velankar, RAG Chaleil, T Gerguri, ... Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 87 (12), 1200-1221, 2019 | 73 | 2019 |
| Smooth orientation-dependent scoring function for coarse-grained protein quality assessment M Karasikov, G Pagès, S Grudinin Bioinformatics 35 (16), 2801-2808, 2019 | 51 | 2019 |
| Communication-efficient jaccard similarity for high-performance distributed genome comparisons M Besta, R Kanakagiri, H Mustafa, M Karasikov, G Rätsch, T Hoefler, ... 2020 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS …, 2020 | 30 | 2020 |
| Assessment of chemical‐crosslink‐assisted protein structure modeling in CASP13 JE Fajardo, R Shrestha, N Gil, A Belsom, SN Crivelli, C Czaplewski, ... Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 87 (12), 1283-1297, 2019 | 23 | 2019 |
| Dynamic compression schemes for graph coloring H Mustafa, I Schilken, M Karasikov, C Eickhoff, G Rätsch, A Kahles Bioinformatics 35 (3), 407-414, 2019 | 23 | 2019 |
| Metagraph: Indexing and analysing nucleotide archives at petabase-scale M Karasikov, H Mustafa, D Danciu, M Zimmermann, C Barber, G Rätsch, ... BioRxiv, 2020 | 15* | 2020 |
| Sparse binary relation representations for genome graph annotation M Karasikov, H Mustafa, A Joudaki, S Javadzadeh-No, G Rätsch, ... Journal of Computational Biology 27 (4), 626-639, 2020 | 13 | 2020 |
| Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей МЕ Карасиков, ВВ Стрижов Информатика и её применения 10 (4), 121-131, 2016 | 12* | 2016 |
| Поиск эффективных методов снижения размерности при решении задач многоклассовой классификации путем её сведения к решению бинарных задач МЕ Карасиков, ЮВ Максимов Машинное обучение и анализ данных 1 (9), 1273-1290, 2014 | 10* | 2014 |
| Metannot: A succinct data structure for compression of colors in dynamic de Bruijn graphs H Mustafa, A Kahles, M Karasikov, G Rätsch BioRxiv, 236711, 2018 | 7 | 2018 |
| Chauvot de Beauchêne I MF Lensink, G Brysbaert, N Nadzirin, S Velankar, RAG Chaleil, T Gerguri, ... Maigret, B, 1200-1221, 2019 | 5 | 2019 |
| Lossless indexing with counting de bruijn graphs M Karasikov, H Mustafa, G Rätsch, A Kahles International Conference on Research in Computational Molecular Biology, 374-376, 2022 | 2 | 2022 |
| Inverse protein folding problem via quadratic programming A Riazanov, M Karasikov, S Grudinin arXiv preprint arXiv:1701.00673, 2017 | 2 | 2017 |
| Прогнозирование структур белков методами полуопределенного программирования АС Подкопаев, МЕ Карасиков, ЮВ Максимов Труды Московского физико-технического института 7 (4 (28)), 66-73, 2015 | 2 | 2015 |
| Topology-based sparsification of graph annotations D Danciu, M Karasikov, H Mustafa, A Kahles, G Rätsch Bioinformatics 37 (Supplement_1), i169-i176, 2021 | 1 | 2021 |
| Biosynthetic potential of the global ocean microbiome L Paoli, HJ Ruscheweyh, CC Forneris, F Hubrich, S Kautsar, A Bhushan, ... Nature, 1-8, 2022 | | 2022 |
| Using Genome Graph Topology to Guide Annotation Matrix Sparsification D Danciu, M Karasikov, H Mustafa, A Kahles, G Rätsch bioRxiv, 2020 | | 2020 |
| Построение ранжирующей функции для прогнозирования третичной структуры белка МЕ Карасиков Московский физико-технический институт, 2017 | | 2017 |
| ДИПЛОМНАЯ РАБОТА СТУДЕНТА 174 ГРУППЫ МЕ Карасиков Московский физико-технический институт, 2015 | | 2015 |
